公司员工怀孕了，但没有签署离职单，所以停止

不合法。根据《劳动合同法》等规定，孕妇提出离职但未签离职单时，单位停止缴纳五险违法。若违法操作，可能导致单位面临法律诉讼和经济赔偿，严重影响企业声誉。
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常见处理方式为继续缴纳五险一金，直至合法解除劳动关系。选择时应考虑孕妇权益保护及企业法律责任，避免违法操作带来的风险。
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不合法。操作如下：1.继续为孕妇缴纳五险一金，保障其合法权益；2.与孕妇沟通，了解其离职意愿，尽量协商至其产假期满或找到替代人员；3.如孕妇坚持离职，应确保其签署离职单，并依法支付相应补偿。